Eupatorin’in insan nötrofil elastazına bağlanmasının hesaplamalı incelenmesi: İnflamatuar ayak hastalıklarında terapötik potansiyeli

Creative Commons License

CETIZ M., AKMEŞE Ş., TUTUŞ R.

Adıyaman Üniversitesi Sağlık Bilimleri Dergisi, cilt.12, sa.2, ss.150-156, 2026 (TRDizin)

Özet

Amaç: Bu çalışma, bir flavonoid olan eupatorin’in, diyabetik ayak ülseri gibi kronik inflamatuar ayak hastalıklarında görev alan İnsan nötrofil elastazı (HNE) üzerindeki inhibitör etkisini araştırmayı amaçlamaktadır. Gereç ve Yöntem: Eupatorin’in HNE ile olası bağlanma etkileşimleri, AutoDock Vina ile yürütülen moleküler yerleştirme simülasyonları ile incelenmiştir. Ardından, 100 nanosaniyelik moleküler dinamik simülasyonlar ve MM/GBSA bağlanma serbest enerjisi analizleri gerçekleştirilmiştir. Bulgular: Moleküler yerleştirme analizleri eupatorin’in HNE’ye –7,9 kcal/mol bağlanma afinitesi ile bağlandığını göstermiştir. Dinamik simülasyonlar, ligandın konumunu bağlanma cebinde koruduğunu ve 0–3 arasında değişen, ortalama 1 hidrojen bağı içeren bir etkileşim örüntüsü sergilediğini ortaya koymuştur. SASA değerleri, ligandın çözücüye açık, yarı gömülü bir cepte yer aldığını göstermektedir. MM/GBSA analizleri ise bağlanmanın enerjetik olarak elverişli olduğunu desteklemiştir. Sonuç: Bu bulgular, eupatorin’in HNE ile tersinir ve kovalent olmayan bir etkileşim örüntüsü kurabileceğini düşündürmektedir. Eupatorin, HNE ile ilişkili inflamatuar süreçlerin modülasyonu için deneysel olarak değerlendirilmesi gereken umut vadeden doğal bir yapı iskelesi olarak değerlendirilebilir.
Aim: This study aims to investigate the inhibitory effect of eupatorin, a flavonoid, on human neutrophil elastase (HNE), which plays a role in chronic inflammatory foot conditions such as diabetic foot ulcers. Materials and Methods: Binding interactions between eupatorin and HNE were examined using molecular docking simulations performed in AutoDock Vina. Next, 100-nanosecond molecular dynamics simulations and MM/GBSA binding free energy analyses were performed. Results: Docking analysis showed that eupatorin binds to HNE with a binding affinity of –7.9 kcal/mol. Dynamic simulations revealed that the ligand retained its position within the binding site and exhibited a non- covalent interaction pattern involving 0–3 hydrogen bonds per frame, with an average of one. SASA values indicated that the ligand resides within a solvent- accessible pocket. MM/GBSA analysis further supported favorable binding energetics throughout the simulation period. Conclusion: These findings suggest that eupatorin establishes a reversible, non-covalent interaction pattern with HNE. Eupatorin can be considered a promising natural scaffold that warrants experimental evaluation for the modulation of HNE-associated inflammatory processes.